I 1978-79 forestod den daværende Central Afdeling for sygehushygiejne (CAS), det nuværende Central Enhed for Infektionshygiejne (CEI), den første nationale prævalensundersøgelse af forskellige typer af nosokomielle (sygehuserhvervede) infektioner. I de efterfølgende årtier blev der ligeledes udført prævalensundersøgelser af specifikke eller samtlige sygehuserhvervede infektioner i hhv. 1980, 1991, 1999 og 2004. Fra 2008 og frem til 2015 har CEI koordineret landsprævalensundersøgelser to gange årligt med frivillig deltagelse af landets sygehuse. Her registreredes forekomsten af fire udvalgte infektioner: urinvejsinfektion, pneumoni, postoperativ sårinfektion, bakteriæmi/sepsis. Som følge af den digitale udviklingen og indførelsen af en løbende og automatisk incidensregistrering (HAIBA), faldt interessen og deltagelsen i de halvårlige prævalensundersøgelser i løbet af 2014-2015. CEI valgte derfor at ophøre med at koordinere og udføre prævalensundersøgelserne. Opgørelser fra prævalensundersøgelserne kan rekvireres ved kontakt til CEI.
I perioden 1991-98 havde man på landsplan desuden en systematisk registrering af postoperative sårinfektioner, Skildvagten. Dette ophørte, da tilslutningen til programmet faldt.
En væsentlig konklusion på de danske erfaringer med infektionsregistrering blev, at man bør vælge kun at registrere alvorlige infektioner ved udvalgte operationer, frem for at registrere alle infektioner.